Karier akademis Suahasil dimulai sebagai dosen di FEB-UI sejak 1999, hingga dikukuhkan sebagai Profesor di bidang Ilmu Ekonomi pada 2009. Selama mengabdi di FEB-UI, dia dipercaya menduduki sejumlah posisi strategis, antara lain Kepala Program Studi Pascasarjana Ilmu Ekonomi (2004–2005), Kepala Lembaga Demografi (2005–2008), serta Ketua Departemen Ilmu Ekonomi (2009–2013).
Sebelum menduduki posisi pimpinan di Kementerian Keuangan (Kemenkeu), Suahasil aktif dalam penataan kebijakan publik dan pengawasan fiskal nasional.
Dia tercatat pernah menjadi anggota Tim Asistensi Menteri Keuangan bidang Desentralisasi Fiskal (2009–2011), Komite Pengawas Pelaksanaan Otonomi Daerah (KPPOD), Komite Ekonomi Nasional (KEN), serta Tim Nasional Percepatan Penanggulangan Kemiskinan (TNP2K) di bawah Kantor Wakil Presiden RI.
Karier teknokrasinya di Kemenkeu melesat saat ditunjuk sebagai Pelaksana Tugas Kepala Badan Kebijakan Fiskal (BKF) pada 2015, sebelum akhirnya dilantik definitif sebagai Kepala BKF pada 31 Oktober 2016.
Pada 25 Oktober 2019, Presiden Joko Widodo (Jokowi) melantik Suahasil sebagai Wakil Menteri Keuangan untuk mendampingi Sri Mulyani Indrawati dalam Kabinet Indonesia Maju.