Sebelumnya, pembinaan Pengadilan Pajak berada di bawah naungan Kemenkeu. Di sisi lain, Kemenkeu juga membawahi Direktorat Jenderal Pajak (DJP) serta Direktorat Jenderal Bea dan Cukai (DJBC), yang produk hukum/keputusannya kerap menjadi objek sengketa yang diuji oleh wajib pajak di Pengadilan Pajak.
Dalam amar Putusan Nomor 26/PUU-XXI/2023, MK menyatakan frasa "Departemen Keuangan" dalam Pasal 5 ayat (2) Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak bertentangan dengan UUD 1945 dan tidak memiliki kekuatan hukum mengikat sepanjang tidak dimaknai sebagai "Mahkamah Agung".
Sesuai dengan mandat MK, proses transisi dan pengalihan seluruh aspek pembinaan organisasi, administrasi, hingga keuangan Pengadilan Pajak ke MA wajib dituntaskan secara bertahap paling lambat 31 Desember 2026.
Integrasi penuh ke bawah Mahkamah Agung ini diharapkan memperkokoh posisi Pengadilan Pajak sebagai lembaga peradilan yang independen, adil, dan objektif bagi wajib pajak maupun penanggung pajak yang mencari keadilan. (Wahyu Dwi Anggoro)